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Was ist eine Amplikon-Kachelung?

Wenn Sie den Ion AmpliSeq Designer verwenden, werden die Kachel- und Pooling-Algorithmen hinter den Kulissen ausgeführt, um Ihr eingereichtes Design in ein bestellbares benutzerdefiniertes AmpliSeq-Kit umzuwandeln. Die Pipeline ist optimiert, um die höchste Abdeckung mit der geringsten Anzahl von Amplikonpools zu finden.

Bei dem Versuch, alle Primerpaare erschöpfend zu entwerfen, erstellt die Pipeline eine erschöpfende Suche, indem ein Kachelfenster einzeln über die gesamte Zielregion geschoben wird. Der Kachelalgorithmus wählt eine Teilmenge einer Kachelung der Eingangsamplikons aus, die die folgenden Kriterien erfüllt:

Verbesserungen im Kachelalgorithmus haben die In-Silico-Abdeckung der Designs erheblich erhöht. Die Benutzer können zwischen In-Silico- und Assay-Leistung wählen. Der Pooling-Algorithmus weist jedes Kachelamplikon einem Pool zu, abhängig von den Anforderungen, die das Multiplexen jedes Pools ermöglichen (siehe "Pooling-Anforderungen" weiter unten).

IonenampliSeq Designer. Anmelden in Ihrem Konto Anmelden Registrieren. Sie verwenden einen veralteten oder nicht unterstützten Browser. Für eine bessere Nutzung dieser Website aktualisieren Sie bitte auf einen modernen, unterstützten Webbrowser. In den folgenden Abschnitten werden die AmpliSeq-Kachel- und Pooling-Prozesse beschrieben: Die Design-Pipeline Die Pipeline ist optimiert, um die höchste Abdeckung mit der geringsten Anzahl von Amplicon-Pools zu finden.

Bei der Erstellung der Primer berücksichtigt die Pipeline Folgendes: Eine Off-Target-Analyse zur Minimierung der Off-Target-Hybridisierung Eine Überlappungsanalyse zur Reduzierung der Anzahl der Primer mit minimalem Kachelpfad, da eine höhere Überlappung einen höheren Kosten-Kachelalgorithmus impliziert Teilmenge einer Kachelung der Eingangsamplikons, die die folgenden Kriterien erfüllt: Deckt so viel von jeder Zielsequenz ab wie der ursprüngliche Eingang. Hat viel weniger Amplikons als der Eingangssatz. Maximiert die Qualität der Amplikons. Dazu führt der Kachelungsalgorithmus die folgenden Schritte aus : Erstellt ein Überlappungsdiagramm von Kandidateneinfügungen.

Weist jeder Kante Kosten zu. Gibt die Kacheln vom kostengünstigsten Pfad von der Quelle zur Senke zurück. Die Ausgabe des Kachelalgorithmus wird als Eingabe für den Pooling-Algorithmus verwendet.

Pooling-Algorithmus Der Pooling-Algorithmus weist jedes Kachelamplikon einem Pool zu, abhängig von den Anforderungen, die das Multiplexen jedes Pools ermöglichen (siehe "Pooling-Anforderungen" weiter unten). Um jede Kachel einem Pool zuzuweisen, führt der Pooling-Algorithmus die folgenden Schritte aus: Sortiert Amplikons durch Verringern der Priorität. Beginnt mit einem verfügbaren Pool. Leert alle verfügbaren Pools. Für jedes sortierte Amplikon: Wenn es mindestens einen Pool gibt, in dem das Amplikon gemultiplext werden kann, legt der Algorithmus das Amplikon in den ersten kompatiblen Pool, der den Abstand zwischen dem Amplikon und einem anderen Amplikon im Pool maximiert.

Wenn ein neuer Pool hinzugefügt werden kann, fügt der Algorithmus einen neuen verfügbaren Pool hinzu und kehrt zu Schritt 3 zurück. Wenn kein neuer Pool hinzugefügt werden kann, fügt der Algorithmus das Amplikon in die Liste der nicht gepoolten Überläufe ein. Pooling-Anforderungen Die folgenden Anforderungen müssen erfüllt sein, damit der Pooling-Algorithmus einem Pool eine Kachel zuweisen kann. Ein Pool ist ein Satz von Amplikons, die zusammen in einer einzigen Röhre gemultiplext werden sollen.

Die maximale Anzahl von Pools beträgt 10. Die maximale Poolkapazität beträgt 6144 Amplikons. Der minimale Ausgleichsfaktor für jeden Pool p ist: Der minimale Amplikonabstand beträgt 50 bp. Vorteile von Tiling und Pooling Der Tiling-Algorithmus stellt sicher, dass die PCR-Pools so viele Ziele abdecken wie die ihm zugeführten Kandidatenamplikons. Der Pooling-Algorithmus generiert eine sehr kleine Anzahl von PCR-Pools. Die Primer in einem Pool interagieren nicht.

Alles läuft schnell und mit angemessenem Speicher, was zu einer schnelleren Designerstellung führt. Nicht zur Verwendung in Diagnoseverfahren. Alle Rechte vorbehalten. Ion AmpliSeq Designer v7.

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